No había transcurrido una década desde la inauguración de sus primeras instalaciones cuando la Agrupación Deportiva San Juan tuvo que hacer frente a una importante remodelación obligada por la construcción de la Variante Oeste. El 12 de octubre de 1965 un grupo de vecinos de San Juan conseguía hacer realidad su sueño de dotar al barrio de unas instalaciones deportivas y esa jornada se colocaba la primera piedra de aquel proyecto en unos terrenos situados al final de la calle Monasterio de Irache. Dos años más tarde ya estaba en pleno funcionamiento el edificio social -que en los Sanfermines de 1967 acogió sus primeras verbenas abiertas al público en general- y la piscina pero conforme la agrupación crecía también lo hacía la ciudad con nuevos desarrollos que requerían nuevas conexiones. La Variante Oeste, que evitaba el paso por el centro de la ciudad a quienes provenían del sur de Navarra camino del norte, entre Cordovilla y Berriozar, iba a obligar a importantes cambios urbanísticos, entre otros, en el barrio de San Juan. El trazado del vial, que transcurría en parte por el antiguo camino del Plazaola, implicaba el derribo del puente por el que se accedía a la agrupación y también suponía la invasión de la pista deportiva, de una piscina infantil, de las pistas de bochas y los asadores. En total, 3.793 metros cuadrados. La directiva de la A.D. San Juan tasó aquellos daños en 15,6 millones de pesetas y reclamó esa cantidad a la entonces Diputación de Navarra, bien en metálico y con nuevos terrenos.

El puente sobre el trazado del Plazaola fue demolido en enero del año 1975, con las afecciones que ello supuso para las piscinas y sus socios, pero en agosto de ese mismo año ya estaba construido el nuevo, ahora ya sobre la Variante Oeste. Años más tarde los terrenos de la A.D. San Juan también se vieron afectados por la construcción de un nuevo acceso al cementerio.