Es una especie cavernícola, que también puede utilizar edificios en época de cría. Caza en campo abierto, en praderas y estepas, donde captura grandes saltamontes, escarabajos, típulas, mantis y orugas que atrapa en el suelo o a baja altura. Se desconocen refugios de hibernación en Navarra.

Distribución en Navarra  

Hay citas repartidas por toda la región, siempre machos. Actualmente sólo se conoce una colonia reproductora, entre Caparroso y Marcilla, donde se han contado 267 individuos pertenecientes a esta especie y a Myotis myotis. Se estima que la mitad podrían pertenecer a Myotis blythii. Su población se ha reducido en al menos un 25% entre 2006 y 2014. EEl último censo es de 2014, por lo que se desconoce su población actual.

¿Por qué hay que protegerlo?

En Navarra se han conocido 4 colonias reproductoras de esta especie (Caparroso, Pitillas, Gallipienzo, Olite), habiendo desaparecido 3 de ellas en la actualidad. Sólo se conserva la de Caparroso, a orillas del río Aragón. Se sospecha que esta colonia haya recogido también los ejemplares que formaban la colonia de Pitillas, donde se reproducían alrededor de 190 individuos. La cueva de Caparroso no sufre molestias, al situarse en una zona inaccesible, aunque es probable que se inunde durante las crecidas, lo que podría acabar con la colonia.