Rococó de 1775, este órgano presenta una rica decoración de rocallas y motivos musicales. De esta época, segunda mitad del siglo XVIII, son propias las fachadas más llamativas y fastuosas en estos instrumentos.

Hay constatación documental de que Larraga tuvo órgano al menos desde 1566. El actual se levanta sobre el arco que hubo de construirse para acogerlo, entre dos pilastras a los pies de la iglesia. El instrumento se conservó en buen estado hasta 1873, momento en el que la iglesia se utilizó como almacén en la última guerra carlista y el órgano y las esculturas de su fachada sufrieron tal deterioro que el instrumento quedó inservible. Se recompuso tres años después, en 1876.

La fachada está coronada por tres figuras de músicos, y hay dos más en los laterales a media altura, además de niños desnudos. Los músicos debieron tañer en su día violines o más probablemente violas, a juzgar por el tamaño que pudieron tener, pero no se conserva ninguno. En los paneles de la caja se representan instrumentos de cuerda, y los emblemas de Larraga y de San Pedro

La caja fue obra de Miguel Zufía, arquitecto ebanista, que construyó una de las cajas más bellas de la organería navarra. Realizó también retablos en Berbinzana, Cáseda, Caparroso (incluido el mayor), el cancel de la Virgen de Andión en Mendigorría y las sillerías de coro de Pitillas y de Cáseda.

Por su parte, el instrumento fue obra de Diego Gómez, organero nacido en Larraga en 1752, hijo del organista de la parroquia de San Miguel, quien montó un taller de organería en la localidad, construyendo en él los instrumentos de Larraga, Abárzuza, Olite, Tudela, Esparza de Salazar, Artajona, Lodosa, Mendigorría, Andosilla, Roncesvalles y otros.

Falleció en Larraga en 1834 y, aunque su hijo Antonio continuó con la tradición familiar y fue el último maestro de la Escuela Organera Navarra, no alcanzó la importancia de su padre.

Hay referencias a la fachada del órgano de Larraga en el Catálogo Monumental de Navarra, coordinado por Concepción Garcia Gainza, en la obra de Aurelio Sagaseta y Luis TabernaÓrganos de Navarra, en el libro editado por el Ayuntamiento de Larraga en 2008 Organeros, organistas y músicos de Larraga, obra de Muneta Martínez de Morentin, y en el recientemente presentado El arte del Barroco en Navarra, coordinado por Ricardo Fernández Gracia y editado por el Gobierno foral.