Su labor docente se inició en Pamplona en el siglo XVI y tras una interrupción de casi dos siglos la retomaron en 1946 en plena calle Mayor y centrada en niños de entre 7 y 10 años. Tendrían que transcurrir todavía unos años y varios cambios de localización por el Segundo Ensanche obligados por el incremento del número de alumnos, hasta que en 1951 los Jesuitas inauguraron en Pamplona su colegio definitivo al final de la calle Bergamín. La primera piedra de aquel proyecto se había colocado el 29 de mayo de 1950 y en menos de año y medio se inauguraba el primero de los pabellones. Todavía faltaban instalaciones, de hecho la misa inaugural se celebró en una capilla provisional situada en la tercera planta del edificio.

El colegio fue creciendo en los años siguientes de acuerdo con el proyecto inicial. Así, en 1959 se estrenaba finalmente la iglesia de María Inmaculada, bendecida el 7 de noviembre. Curiosamente ese mismo mes otro centro escolar de Pamplona, el de los Salesianos de la calle Aralar, también inauguraba su iglesia, dedicada a María Auxiliadora. Y tres años más tarde, en 1962, se abría el salón de actos del colegio de los Jesuitas, el conocido salón Loyola.

Pero el centro escolar seguía quedándose pequeño para las peticiones de matrículas y los Jesuitas presentaron ante el Ayuntamiento de Pamplona, a mediados de los años 70 del siglo pasado, un proyecto de ampliación que en realidad era la continuación de la idea inicial que ya habían diseñado tres décadas antes. Las nuevas instalaciones iban a ocupar la esquina de las calles Bergamín y Larrabide, delimitada entonces por un muro, pero no todos los informes municipales avalaban la petición. Fueron necesarios varios debates plenarios hasta que por fin recibió el apoyo necesario. Las obras se ejecutaron y la ampliación terminó en 1983.