ANV ostenta la alcaldía de nueve ayuntamientos en Navarra. Se trata de Bera, Araitz, Arbizu, Basaburua, Goizueta, Lakuntza, Navascués, Larraun y Leitza, municipios en los que ganó las elecciones municipales de mayo de 2007. Algunos ayuntamientos como Pamplona, Zizur Mayor, Ansoáin, Tafalla y Estella han disuelto los grupos municipales de Acción Nacionalista Vasca, después del auto de suspensión de actividades dictado por el juez Baltasar Garzón.
En otros consistorios como Berriozar, Villava, Huarte o Sartaguda, entre otros, se mantienen los grupos municipales de ANV. Además, en el caso de Berriozar, ANV forma parte del equipo de Gobierno con Nafarroa Bai, grupo que ostenta la alcaldía.
El Ayuntamiento de Pamplona, gobernado por UPN, fue el primero en ejecutar el auto de Garzón, disolviendo el grupo municipal en febrero y retirando la subvención a ANV. Semanas después clausuró el despacho municipal que utilizaban los dos ediles y, con el apoyo del PSN, retiró a los concejales de Acción Nacionalista Vasco sus cargos de representación en diferentes organismos municipales.
Después de la actuación del Ayuntamiento de Pamplona, el 30 de julio fue el alcalde de Zizur Mayor, Pedro Huarte (NaBai), quien tomó la decisión de disolver el grupo de ANV. Apenas unos días después, fue el turno de Ansoáin. Su alcalde, el socialista Antonio Gila, adoptó el mismo criterio que sus homólogos de Pamplona y Zizur. En octubre se tomó la decisión de disolver los grupos ANV en Tafalla y Estella.
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