La tromba de agua que cayó el martes también produjo inundaciones en Cortes, aunque muchos mucho más leves que las de Cintruénigo. En concreto, la tormenta descargó sobre la citada villa ribera pasadas las 19 horas. La zona más afectada fue el Casco Viejo. El sistema de desagüe de la plaza de la Iglesia fue incapaz de absorber el agua, produciéndose un embalsamiento que sobrepasó los 30 centímetros de altura en algunas zonas. Esto hizo que el agua entrase en el propio templo durante la celebración de la misa. Además, el agua también inundó el bajo de una casa colindante al templo, cuya propietaria tuvo que necesitar la ayuda de varios vecinos para achicar el agua con cubos durante dos horas. La afectada lamentó que no acudiera al lugar ningún responsable municipal que pusiera en marcha un dispositivo de emergencia o que, al menos, extrajera la rejillas obstruidas.
También hubo otras pequeñas inundaciones en diversas casas de la parte vieja.
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