CECE recibe en la Comunidad foral el nombre de Asociación de Centros de Enseñanza de Navarra. Está integrada en CECE nacional pero funciona de forma independiente. Esta asociación agrupa a 19 colegios y otros centros educativos de diferente titularidad e ideología. Hay colegios de congregaciones religiosas, como Luis Amigó (Terciarios Capuchinos); de fundaciones, como el centro de educación especial El Molino (Fundación Ciganda Ferrer), de cooperativas de padres (San Cernin) o de Fomento de centros de enseñanza (Irabia, Miravalles-El Redín, colegios ligados al Opus Dei). También pertenecen a esta patronal los colegios mayores universitarios Larraona, Belagua, Aralar, Goimendi, Goroabe, Mendaur y Aldaz; el centro de educación especial Isterria, el Foro Europeo y la academia Aula 2. El presidente de la patronal es Francisco José Flores, gerente del colegio San Cernin.
Los centros de la Asociación de Centros de Enseñanza de Navarra escolarizan a unos 5.000 alumnos y emplean a unos 350 profesores. En Navarra hay otras tres patronales en la enseñanza concertada (ANEG, Ikastolas y Cuatro Vientos).
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