Hasta 1541 los vecinos de Huarte y Villava molían su trigo en instalaciones privadas y abonaban tasas a los dueños, ya fueran reyes, monjes o burgueses. En esa fecha fue cuando los vecinos de ambas localidades levantaron este edificio y en 1574 los huartearras vendieron su parte por 900 ducados.

Fue Gregorio Alzugaray quien lo compró en 1852 para controlar el comercio de pan de la comarca. En 1896, el molino se adaptó para generar electricidad y hasta 1907 abasteció a Villava. Nueve años después el empresario Pablo Esparza lo adquiere.

Es por estos usos por los que el Molino de San Andrés también se conoció como Harinera de Alzugaray y Central de Esparza. Sus años de máxima actividad fueron entre 1950 y 1960 y habitaban hasta 7 familias. La turbina eléctrica funcionó hasta 2001.

El molino fue adquirido en 2003 por una expropiación forzosa a Hijos de Pablo Esparza por el Consorcio del Parque Fluvial de la Comarca de Pamplona y en 2007 la gestión se cedió a la Mancomunidad.