El Azkoyen, que regresa a Tercera, ha pasado por épocas muy difíciles a lo largo de sus muchos años de historia. Vivió una de sus mejores etapas en 2002, cuando logró ascender a 2ªB y jugó tres buenas temporadas (02/03, 03/04 y 05/06). Pero terminarían en decepción debido a la crisis deportiva y económica. Azkoyen incluso cambió sunombre a Peralta, pero la falta de respaldo provocaría el inminente declive.

El descenso a Tercera en 2006 llegó en unos días en los que el club rozó una desaparición que se evitó en el último día con una nueva junta directiva. Antes tuvieron que sanear una deuda de 360.000 euros y ver como se bajaba a Preferente. De presupuestos de 600.000€ en tiempos de bonanza se pasó a otros de menos de 80.000. Incluso hubo plantes del equipo que llegó a entrenar en Yamaguchi como protesta por no cobrar.