Tras un acuerdo inicial, suscrito el 20 de enero de 1988, entre los herederos de Julián Gayarre y el Gobierno de Navarra, el 17 de noviembre de 1989, poco antes del centenario de la muerte de Gayarre y de la apertura de la Casa-Museo el 2 de enero de 1990, se creó la Fundación Julián Gayarre, constituida por el Gobierno de Navarra, el Ayuntamiento de Roncal y los familiares del tenor. El patrimonio de la Fundación estaba formado fundamentalmente por los bienes donados por la familia de Julián Gayarre entre los que se encontraba la vivienda de Julián Gayarre, de la que se excluía un apartamento privado en la segunda planta que quedaba en propiedad de los herederos para su uso privado.

La Fundación tiene por finalidad promover iniciativas en recuerdo y homenaje de Julián Gayarre, velar por la conservación, protección y custodia de su patrimonio y el que pueda incorporarse en el futuro, difundir el conocimiento del mismo, fomentar su estudio, y promover actividades relacionadas directa o indirectamente con la figura de Gayarre.

En la convocatoria pública de subvenciones a museos y colecciones museográficas permanentes de 2009 la Fundación Gayarre ha recibido subvenciones para funcionamiento (14.000 euros), para actividades (1.670,64 euros) e inversiones (14.746,55 euros).